מרכז ינר מציע מגוון רחב של תכניות הכשרה מקצועית בתחומי הטיפול, החינוך והייעוץ, כגון תרפיה באומנות וטיפול בטראומה. בנוסף, המרכז מציע תארים אקדמיים בפסיכולוגיה, מדעי החברה והרוח, ניהול וכלכלה, ומדעי המדינה.
כן, התכניות במרכז ינר משלבות לימודים עיוניים עם עבודה מעשית מודרכת. שילוב זה מאפשר לבוגרים להשתלב בעשייה בקהילה ובחברה, בהתאם לסוג ואופי ההכשרה הספציפית.
כן, מרכז ינר מציע תכניות המותאמות לקהילה החרדית, כגון תכנית רבבה לתואר ראשון בשילוב לימודי קודש ותכנית "אלפא". תכניות אלו מאפשרות לסטודנטים מהמגזר החרדי לרכוש השכלה אקדמית ומקצועית.
המרכז מציע מגוון רחב של קורסי תעודה והעשרה בתחומי הטיפול והייעוץ. בין הקורסים ניתן למצוא לימודי CBT, קורס NLP, קורס דולות, ייעוץ תעסוקתי, הנחיית הורים וטיפול בכאב.