מרכז י.נ.ר מציע תארים ראשונים במגוון תחומים, כולל פסיכולוגיה, מדעי החברה והרוח, ניהול וכלכלה, ומדיניות ציבורית. קיימת גם תכנית "רבבה" המשלבת תואר ראשון עם לימודי קודש.
המרכז מציע תוכניות הכשרה רבות בתחומי טיפול, כגון תרפיה באומנות, טיפול בטראומה בילדים, טיפול בהתמכרויות, ייעוץ משפחתי וזוגי, ולימודי CBT.
כן, המרכז מציע לימודים כמו ייעוץ זוגי בנישואין ומשפחה, הדרכת חתנים וכלות, ולימודי טוענות רבניות. בנוסף, ישנם קורסים בפסיכולוגיה יהודית ותוכניות המשלבות לימודי קודש.
מרכז י.נ.ר מציע מגוון לימודי תעודה, ביניהם קורס דולות, קורס NLP, ייעוץ תעסוקתי, עזרה ראשונה נפשית, ולימודי רפואה טבעית בטיפול נפשי.