מרכז י.נ.ר מציע תארים ראשונים בפסיכולוגיה, מדעי החברה והרוח, ניהול וכלכלה, ומדעי המדינה – מדיניות ציבורית. קיימות גם תוכניות ייחודיות כמו "רבבה" המשלבת לימודי קודש ותואר ראשון, ותכנית "אלפא".
המרכז מציע מגוון רחב של תוכניות הכשרה מקצועיות, ביניהן טיפול בטראומה בילדים, טיפול בהתמכרויות, לימודי טיפול משפחתי וזוגי, טוענות רבניות, הנחיית הורים ו-CBT. כמו כן, קיימים קורסים לטיפול בטראומה מינית ובפוסט טראומה, וטיפול בעזרת בעלי חיים.
מרכז י.נ.ר מציע לימודי תעודה רבים, כולל רפואה טבעית בטיפול נפשי, פסיכולוגיה יהודית, קורס דולות, NLP, ייעוץ תעסוקתי ועזרה ראשונה נפשית. בנוסף, ישנם קורסים להדרכת חתנים וכלות, טיפול באומנות, גישור ואימון אישי.