מרכז י.נ.ר מציע תוכניות לתואר ראשון בפסיכולוגיה, מדעי החברה והרוח, ניהול וכלכלה, ומדעי המדינה – מדיניות ציבורית. בנוסף, קיימות תוכניות ייחודיות כמו "רבבה" המשלבת לימודי קודש ו"אלפא".
מרכז י.נ.ר מציע מגוון תוכניות הכשרה, כולל טיפול בטראומה בילדים, טיפול בהתמכרויות, טיפול משפחתי וזוגי, ייעוץ זוגי, ניתוח התנהגות יישומי (ABA), טוענות רבניות, הנחיית הורים, וטיפול בפוסט טראומה.
כן, מרכז י.נ.ר מציע לימודי תעודה רבים, כגון רפואה טבעית בטיפול נפשי, פסיכולוגיה יהודית, דולות, NLP, ייעוץ תעסוקתי, עזרה ראשונה נפשית, הדרכת חתנים וכלות, טיפול באומנות, גישור ואימון אישי.