מרכז י.נ.ר מציע תארים ראשונים בפסיכולוגיה, מדעי החברה והרוח, ניהול וכלכלה, ומדעי המדינה – מדיניות ציבורית. קיימות גם תכניות ייחודיות כמו "רבבה" המשלבת לימודי קודש ותכנית "אלפא".
המרכז מציע מגוון רחב של תכניות הכשרה, כולל טיפול בטראומה (בילדים, מינית, פוסט-טראומה), טיפול בהתמכרויות, טיפול משפחתי וזוגי, ניתוח התנהגות יישומי (ABA), CBT וטיפול בעזרת בעלי חיים.
מרכז י.נ.ר מציע לימודי תעודה רבים, ביניהם רפואה טבעית בטיפול נפשי, פסיכולוגיה יהודית, NLP, תרפיה באומנות, גישור, אימון אישי, וקורסים להדרכת חתנים וכלות.
כן, המרכז מציע את תכנית "רבבה" המשלבת לימודי קודש עם תואר ראשון. בנוסף, קיימים קורסים כמו "רבנים משיבים בתחום המשפחה", "קדושת המשפחה" ו"הדרכת חתנים ונישואין", לצד "שערי הלכה ומשפט".