מרכז י.נ.ר מציע תואר ראשון לחרדים במגוון תחומים, כולל פסיכולוגיה, מדעי החברה והרוח, ניהול וכלכלה, ומדעי המדינה. קיימות גם תכניות ייחודיות כמו "רבבה" המשלבת לימודי קודש ו"אלפא".
המרכז מציע תוכניות הכשרה מקצועיות רבות, ביניהן טיפול בטראומה בילדים, טיפול בהתמכרויות, לימודי טיפול משפחתי וזוגי, ניתוח התנהגות יישומי (ABA), הנחיית הורים ולימודי CBT. ישנם גם קורסים לטיפול בטראומה מינית ובפוסט טראומה.
מרכז י.נ.ר מציע מגוון רחב של לימודי תעודה, כגון רפואה טבעית בטיפול נפשי, פסיכולוגיה יהודית, קורס דולות, NLP, ייעוץ תעסוקתי ועזרה ראשונה נפשית. בנוסף, ישנם קורסים להדרכת חתנים וכלות, תרפיה באומנות, הנחיית קבוצות ואימון אישי.
כן, מרכז י.נ.ר מציע קורסים מתוקשבים כחלק ממגוון אפשרויות הלימוד, המאפשרים גמישות ונגישות לסטודנטים המעוניינים ללמוד מרחוק.